OTOCI MRKAN, BOBARA I SUPETAR zaštićeni su kao posebni ornitološki rezervat još od 1975. godine zbog svoje važnosti kao značajno gnijezdilište velike kolonije galeba klaukavca (Larus cachinnans, Pallas 1810). Prema nekim podacima na ovim je otocima zabilježeno gniježđenje i do 2000 parova ovih galebova. Ukupna površina posebnog ornitološkog rezervata iznosi oko 38 ha.

Zemljopisni položaj i geomorfološke osobitosti
Ova se otočna skupina, nazvana Cavtatski otoci, nalazi u južnom dijelu Jadrana, na ulazu u Župski zaljev. Od Cavtata su udaljeni oko 2 km, a od Dubrovnika oko 7 km. Malo položeni prema pučini, svojim pružanjem prate karakteristični "dinarski" smjer prostiranja kopna (sjeverozapad - jugoistok) nadovezujući se jedan na drugog, dok je Supetar nešto izdvojen prema sjeveru u unutrašnjost zaljeva. Geološku podlogu najvećim dijelom čine sedimentne (taložne) stijene, uglavnom vapnenci i na pojedinim mjestima dolomiti, mezozojske (gornjokredne) starosti, a ostatak su nekadašnjeg Lapadskog grebena.

Otočić Supetar je najmanji u skupini, nisko položene obale i gotovo ravnog obrisa (najveća visina 8 m), dok su Mrkan i Bobara dosta veći. Sjeverne stjenovite obale Mrkana i Bobare su niske i dosta blago položene, dok su južne, prema otvorenom moru izložene intenzivnom abrazijskom djelovanju valova, te imaju oblik izrazitih klifova i vrlo su strme, visoke (do 30 m) i nepristupačne. Zbog slabo pristupačne obale otocima je otežan pristup, a nema ni izgrađenih pristaništa. Otoci su nenastanjeni, jedino se na Mrkanu primjećuje da se povremeno dovodi stoka na ispašu, koja tamo boravi dulje vremena.

Otok Mrkan je najveći u skupini, od kopna udaljen 1,1 km, a od Dubrovnika 7 km. Dug je oko 1500 m, najveće širine oko 350 m. Sastoji se od dva brežuljka, jugoistočnog visine 65 m i sjeverozapadnog visine 45 m. Zauzima površinu od oko 28,5 ha. Uglavnom je prekriven gustom vegetacijom mediteranske makije koja je većim dijelom teško prohodna. Na blago položenom obronku, na visini od oko 40 m, vidi se ostaci crkve Sv. Mihajla iz predromaničkog razdoblja.

Bobara je od kopna udaljena 2,4 km, a od Dubrovnika 6 km. Nešto je manja i niža od Mrkana; duga je oko 600 m, najveće širine oko 200 m. Zauzima površinu od oko 7,5 ha, najviša se točka uzdiže 45 m iznad mora. Nižim dijelovi su obrasli travnjačkom vegetacijom, dok su viši dijelovi prekriveni nižom makijom. Na Bobari se također vide ostaci zidova nekadašnje karantene.

Otočnoj skupini pripada i nekoliko malih, niskih i oštrih hridi; Mrkanac (jugoistočno od Mrkana), te Trava, Hljeb i Ražnjić (jugoistočno od Bobare). Trava i nešto u većoj mjeri Hljeb su djelomično prekriveni oskudnom vegetacijom, dok su Mrkanac i Ražnjić potpuno goli i bez tragova kopnene flore.

Flora i vegetacija
Mrkan i Bobara su zanimljivi i zbog svoje osobite flore i vegetacije. Vegetacija ovih otoka je pod jakim utjecajima vjetra, posolice (halofilna vegetacija), pod zoogenim (izmet galebova i goveda - nitrofilna vegetacija) i antropogenim utjecajem (unešeni kunići, ispaša goveda). Unošenje kunića, uz ispašu dovedenih goveda imalo je osobiti utjecaj na oblikovanje njihove flore. U florističkom smislu ovi su otoci interesantni kao staništa nekoliko rijetkih i endemičnih biljnih vrsta hrvatske flore od kojih spominjemo samo neke poput: grmolikog ranjenika (Anthyllis barba-jovis; reliktna vrsta), srebrnolisnog slaka (Convolvulus cneorum; reliktna vrsta), a posebno mjesto zauzima dubrovačka zečina (Centaurea ragusina), ilirsko-jadranska endemična vrsta. U vegetacijskom smislu Mrkan i Bobara se odlikuju s nekoliko endemičnih zajednica poput endemične ilirsko-jadranske asocijacije Limonietum anfracti (do sada zabilježena samo na Šipanu, Lokrumu te Mrkanu i Bobari) s primorskom mrižicom (Limonium anfractum), ilirsko-jadranskom endemičnom biljkom kao edifikatorskom vrstom, te ilirsko-jadranskom endemičnom asocijacijom Phagnalo-Centaureetum ragusinae s dubrovačkom zečinom (Centaurea ragusina) kao karakterističnom vrstom.

Više o florističkim i vegetacijskim osobitostima otoka Mrkana i Bobare.

Vegetacija otočića Supetra je značajno oštećena u požaru prije desetak godina.

Faunističke osobitosti
Osim spomenute kolonije galebova, fauna ove skupine otoka je relativno siromašna i slabo poznata. Pomanjkanje vode jedan je od presudnih ekoloških uvjeta za održanje životinjskog svijeta otoka. Osim jednog kamenog korita na Mrkanu koji služi za napajanje stoke, druge vode na otocima nema. Ono malo kiše ili rose što padne ljeti brzo ispari pod vrelim zrakama sunca.

Ukoliko se izuzmu različiti insekti (kornjaši, skakavci koji su naročito brojni na hridi Hljeb, leptiri), pauci, kopneni puževi i još neke slične skupine, životinjski je svijet posve siromašan. Među beskralješnjacima se svojom brojnošću i raznovrsnošću naročito ističu kopneni puževi (Gastropoda). Prisutne su vrste više rodova: Helicella sp., Trochoidea sp., Cernuella sp. i Eobania vermiculata kojih veliki broj ima i na hridima, naročito na Hljebu i nešto manje na Travi.

Od kralješnjaka je zabilježeno prisustvo gušterica (Lacertidae), vjerojatno jedne od otočnih podvrsta endemične vrste krške gušterice Podarcis melisellensis, čija brojnost ovdje i iznenađuje. Vrlo su brze i plašljive i na najmanji se znak opasnosti skrivaju među stijenjem. Aktivne su od kraja ožujka pa sve do listopada, a nekada čak i kasnije, što naravno ovisi o vremenskim prilikama.

Zbog blizine kopna ptice su nešto brojnije. Ptica koje stalno borave na ovim otocima zapravo i nema, a one malobrojne većinom se pojave tijekom selidbe i odmaraju se koji dan, nakon čega nastave svoj put. Tom se prilikom po morskim obalama ponekad mogu zateći siva čaplja Ardea cinerea i čapljica bijela Egretta garzetta. Na strmim, nepristupačnim stijenama uz samo more ponekad se može vidjeti i morskog vranca Phalacrocorax aristotelis koji će, ako mu se previše pribiližimo, zaroniti u more i izroniti na sigurnoj udaljenosti, dovoljno daleko od nas. Neke se ptice ovdje i legu, poput kosa (Turdus merula) u makiji Mrkana, ali i on vjerojatno ujesen odleti na mjesta gdje imaju veću mogućnost ishrane. Na vanjskim klisurastim stranama otoka tijekom ljeta gnijezdi se i nekoliko desetaka parova bijele čiope (Apus melba). Gnijezda gradi u šupljinama i uskim procjepima na samim okomitim plohama obraslim škrtim zajednicama vegetacije stijena. Gnijezda ne grade samo u gornjem dijelu klisura, nego i na donjoj granici kopnene vegetacije u pojasu prskanja valova, te i na površinama bez vegetacije, izloženi snažnom utjecaju vjetra. Ondje tijekom cijelog dana, od zore do sumraka, kruže uzduž obale otoka. Ponekad se na strmim južnim stijenama mogu vidjeti modrokos stjenjar (Monticola solitarius) i zidarčac (Tichodroma muraria), te vodomar (Alcedo atthis) u niskom letu iznad same površine mora.

Od sisavaca prisutan je jedino kunić (Oryctolagus cuniculus), ali on nije autohton nego je unešen u jesen 1978. godine na Bobaru. Kunići su se brzo i brojno razmnožavali tako da je već u proljeće iduće godine na sjeveroistočnoj strani otoka bilo 10-ak legala, a svake im se naredne godine brojnost povećavala. Utjecaj kunića na vegetaciju Bobare jako je izražen i negativan. Pored promjena koje su izazvali pustošenjem vegetacije, negativni se utjecaj ubrzo odrazio i na ionako siromašno tlo. Kopajući svoje nastambe uzrokovali su snažnu eroziju tla kojeg su kišne bujice otplavile u more, a na tom su mjestu ostale gole stijene. U posljednjem se desetljeću njihova se brojnost znatno prorijedila.

Podmorje
Akvatorij otoka odlikuje se poprilično dubokim morem, naročito s pučinske strane. Izobata od 50 metara uglavnom je u neposrednoj blizini otoka (oko 10 m od obalne linije), dok već na oko pedesetak metara od obale otoka dubine prelaze 100 metara. Oko sjeverne obale otoka dubine su znatno manje, na nekim mjestima dosežu 20-30 metara.

Podmorje oko Mrkana i Bobare vrlo je zanimljivo i poznato po bogatoj i raznovrsnoj flori i fauni. U njihovoj blizini moguće je vidjeti potonuli antički brod sa razasutim amforama, olupinu broda iz 17. stoljeća, olupinu talijanskog trgovačkog broda potonulog u II. svjetskom ratu, a od flore i faune tu su brojne alge, raznobojni koralji, spužve i naročito mnoštvo riba.

Podmorske obale su hridinaste i strmo se spuštaju u dubinu tvoreći prave podmorske strmce. Bogato su obrasle smeđim, zelenim i crvenim algama, od faune brojni su mahovnjaci, spužve i žarnjaci. Zbog jake abrazije južne strane otoka su bogato razvedene s brojnim potkapinama, podmorskim pukotinama, polušpiljama i špiljama što ih čini vrlo privlačnima za ronioce. Od brojnih zanimljivosti navest ćemo samo neke.

Otprilike na sredini otoka Bobare, na dubini od 12 m nalazi se podmorska špilja dužine 15-20 m. U blizini špilje nalazi se podmorski zid koji se spušta do dubine od 90 m.

Između Mrkana i Bobare, na dubini od 7 metara započinje podvodni zid koji se gotovo okomito obrušava do pješčanog dna na 80 m dubine. U tom se podmorskom strmcu bogato obraslom algama i koraljima nalaze brojne manje špilje i rupe u kojima su se nastanile mnogobrojne ribe.

Podmorski strmci hridi Mrkanjac spuštaju se gotovo okomito do 35 metara dubine, a također su bogato nastanjeni raznovrsnom florom i faunom.

Kraj Mrkana na oko 85 m dubine nalazi se olupina trgovačkog broda potopljenog u 2. svjetskom ratu.

U blizini otočića Supetra, na dubini od 25 do 32 metra, nalazi se podvodni muzej s 1600 amfora, jedinstven u cijelom svijetu. Ondje je potonuo antički brod iz 4. stoljeća prije Krista. Amfore leže u muljevitu dnu, naslagane kao što su bile i utovarene na brod. Ostaci broda nisu vidljivi, ali većina amfora kojima je prevoženo ulje i vino ostale su očuvane. Uz amfore, na dubini od 30 metara leže i dolije, goleme keramičke posude koje su u antičko doba ugrađivane u brodove vjerojatno radi balasta i predstavljaju jedno od rijetkih nalazišta u Sredozemlju.

Crtice iz povijesti
Iako površinom mali i relativno nepristupačni, na ovim je otocima povijest ostavila brojne tragove. Prvi povijesni tragovi na ovim otocima datiraju još od antičkih vremena. Sondažnim arheološkim ispitivanjima podno i danas vidljivih ostataka ranoromaničke crkve Sv. Mihajla (Mihovila), utvrđeni su obrisi kasnoantičke memorije što potvrđuje kontinuitet obrednog mjesta. To predbenediktinsko zdanje postat će jezgra kasnijeg samostana izgrađenog vjerojatno u prvoj polovici XI. stoljeća. Tih su godina benediktinci na Mrkanu sagradili manji samostan. Dubrovačka je Republika podizala benediktinske samostane na važnim strateškim mjestima. Oni su služili ne samo za praćenje kretanja neprijateljskih ratnih brodova, nego i onih koji su dolazili iz zaraženih krajeva, pazeći da na dubrovački teritorij ne unesu kugu i slične pošasti. Imali su i obrambenu zadaću. Istodobno samostani su bili utočište ribarima, brodolomcima, mornarima, oporavilišta za bolesne i nemoćne, a također su imali ulogu rasadišta kulture i znanosti.

Od 1265. godine dubrovačka je vlada dala na korištenje Mrkan, Bobaru i Supetar trebinjskom biskupu Salviju kojega je prognao raški vladar. U to vrijeme prevlasti Nemanjića u dubrovačkom zaleđu trebinjsku su biskupiju zadesile ozbiljne poteškoće, pretvorivši je u čisto naslovnu. Od tada je najčešće nazivana mrkanjskom, prema nazivu tada već ugaslog benediktinskog samostana na istoimenom otočiću. Podarivši prognanim trebinjskim biskupima skromni posjed na ovim otocima, dubrovačka im vlada omogućava uvjete kakvog-takvog preživljavanja. Do trenutka kad zaleđe dospijeva pod osmanlijsku vlast, trebinjsko-mrkanjska biskupija je bila organizirana više na misijski nego na redoviti način, a od tog časa više nema stalno sjedište na svom području niti vlastiti kaptol. Njezini biskupi od tada trajno borave u Dubrovniku, uzdržavajući se sa posjeda koji pripadaju otočiću Mrkanu, a ujedno obnašaju i funkciju pomoćnih biskupa i vikara dubrovačkih nadbiskupa, kojima je takva pomoć bila potrebna uslijed dužeg izbivanja iz svoje nadbiskupije.

U povijesnim se spisima nadalje spominje i bazilika Blažene Djevice Marije koju su u XIII. stoljeću napustili benediktinci, a 1377. godine i trebinjski biskupi. Izgleda da nakon toga razdoblja pomalo zamire ljudska aktivnost na ovim otocima. U prilog razmjerno bogatoj i malo poznatoj arheološkoj građi ovih izdvojenih otoka idu i novija arheološka istraživanja koja pokazuju i postojanje groblja oko srednjovjekovnih crkava na Mrkanu i Bobari.